Sebagai pemimpin Fraksi Nasional dalam Volksraad, Thamrin gigih menyuarakan kepentingan rakyat. Ia juga dikenal dermawan, salah satunya menyumbang 2.000 gulden untuk membangun lapangan sepak bola rakyat di Petojo.
Namun akhir hidupnya penuh tekanan dan intimidasi dari aparat kolonial Belanda. Dalam kondisi sakit, rumahnya digeledah dan dia diperlakukan bak tahanan bersama keluarganya.
Ia wafat pada 11 Januari 1941 dalam pengawasan ketat PID, dalam suasana politik yang penuh tekanan. Lebih dari 10.000 pelayat menghadiri pemakamannya di TPU Karet, yang kemudian berubah menjadi demonstrasi menuntut kemerdekaan.
Pemerintah Indonesia menganugerahkan gelar Pahlawan Nasional kepada Thamrin pada 28 Juli 1960. Gedung Mohammad Hoesni Thamrin kini berdiri di Jakarta Pusat sebagai museum perjuangan.
Nama Thamrin diabadikan di banyak lokasi strategis seperti Jalan M.H. Thamrin, Thamrin City, Thamrin Nine, dan stasiun MRT yang sedang dibangun. Peran simboliknya tak tergantikan di tengah denyut ibu kota.
Proyek MHT di era 1970-an juga mengambil namanya sebagai ikon perubahan kawasan kumuh Jakarta. Di Medan, Thamrin Plaza menjadi salah satu pusat perdagangan penting yang memakai nama beliau.
Pada 19 Desember 2016, Bank Indonesia mencetak wajah Thamrin pada pecahan uang Rp2.000,00. Ini menjadi pengakuan simbolik atas kontribusinya dalam sejarah perjuangan kemerdekaan Indonesia.