Pembiayaan daerah menunjukkan defisit anggaran sebesar Rp140,35 miliar. Penerimaan pembiayaan daerah sebesar Rp159,84 miliar mampu menutup defisit tersebut, meski terdapat pengeluaran pembiayaan sebesar Rp19,50 miliar.
Secara keseluruhan, struktur APBD Pamekasan TA 2025 memperlihatkan tantangan besar dalam mengurangi ketergantungan terhadap dana transfer dan menyeimbangkan alokasi belanja. Pemkab Pamekasan harus memperkuat basis PAD dan meningkatkan proporsi belanja modal untuk mendukung pembangunan berkelanjutan.