Menurut versi ilmiah nama pulau Madura oleh beberapa akademisi dikaitkan dengan penghasilan pulau Madura, kondisi geografis pulau Madura, dan bahasa sanskerta.
Versi ilmiah, pertama, ditinjau dari segi penghasilan nama pulau Madura dapat disebut “madu dari laut”. “Madu dari laut” ini dalam bahasa Jawa artinya “madu segara”. “Madu segara” artinya madu dari laut, yakni garam. Dari kata inilah lalu muncul rangkaian kata Madura.
Versi ilmiah, kedua, ditinjau dari segi geografis, nama pulau Madura ditafsirkan oleh masyarakat dari dua kata maddhu dan saghâra, yang artinya pojok lautan. Tafsir ini dikaitkan dengan penduduk Madura yang secara geografis bertempat tinggal di pojok pulau Jawa (Zainuddin dkk, 1978).
Versi ilmiah, ketiga, ditinjau dari segi bahasa, nama Madura dapat dikaitkan dengan Bahasa Sanskerta (Sanskrit). Kata Madura dalam Bahasa Sanskerta artinya manis dan cantik.
Secara historis nama Madura bisa saja berkaitan dengan datangnya saudagar muslim Gujarat/Tamil (India) di nusantara (termasuk Madura) pada abad ke-13 M, era Kesultanan Demak.
Pembuktiannya terlihat pada peta kuno Madura, dimana di sepanjang pesisir utara pulau Madura terdapat pelabuhan. Pelabuhan ini menjadi tempat pertemuan antara saudagar Gujarat/Tamil dengan masyarakat tempatan/lokal.