Baznas Kabupaten Sumenep sendiri memiliki lima program unggulan, yakni Sumenep Sehat (bantuan kesehatan), Sumenep Taqwa (bantuan keagamaan), Sumenep Cerdas (bantuan pendidikan), Sumenep Makmur (bantuan modal usaha), dan Sumenep Peduli (bantuan bencana).
Program-program ini hadir untuk membantu masyarakat dalam berbagai aspek kehidupan, sehingga manfaat zakat dapat dirasakan secara luas.