K.H. Marzuqi Mustamar diberhentikan dari jabatannya sebagai Ketua PWNU oleh PBNU pada tanggal 16 Desember 2023 lalu. Keputusan itu ditetapkan oleh PBNU melalui Surat Keputusan PBNU Nomor: 274/PB.01/A.II.01.44/99/12/2023 tentang Pemberhentian Ketua Pengurus Wilayah Nahdlatul Ulama Jawa Timur.
Dalam Surat Keputusan PBNU tersebut disebutkan bahwa keputusan ini sesuai dengan Surat Keputusan PBNU Nomor: 267.c/A.II.04/09/2023 tanggal 17 Shafar 1445 H/3 September 2023 tentang Perpanjangan Masa Khidmat dan Perubahan Susunan PWNU Jatim Antar Waktu.