Warisan Jabir ibn Hayyan sangat luas dan berkelanjutan. Kontribusinya dalam pengembangan kimia dan ilmu pengetahuan telah menjadi dasar bagi banyak penemuan dan inovasi selanjutnya. Pemikirannya juga telah memengaruhi banyak ilmuwan dan filsuf selama berabad-abad.
Selain itu, karya-karya Jabir juga memainkan peran penting dalam pembentukan ilmu alkimia, yang kemudian menjadi dasar bagi perkembangan kimia modern. Meskipun beberapa aspek alkimia dianggap sebagai pseudosains, banyak konsep dan teknik yang dikembangkan oleh Jabir masih relevan dalam ilmu pengetahuan modern.
Jabir ibn Hayyan dihormati di seluruh dunia atas kontribusinya dalam ilmu pengetahuan. Banyak universitas dan institusi ilmiah yang menamai laboratorium, bangunan, atau kursus ilmu kimia mereka sesuai dengan namanya. Selain itu, banyak penghargaan dan medali yang diberikan untuk menghormatinya sebagai salah satu ilmuwan besar dari zaman keemasan Islam.
