Karyanya ini dirangkum dalam sebuah manuskrip, yang meskipun belum sempat ia lihat diterapkan, menjadi dasar reformasi besar setelah kematiannya pada tahun 1576.
Manuskrip Aloysius Lilius dipersembahkan oleh saudaranya, Antonio, kepada Paus Gregorius XIII. Komisi ilmiah yang dibentuk oleh Paus kemudian menyempurnakan dan meresmikan Kalender Gregorian melalui bulla Inter gravissimas pada 24 Februari 1582.
Salah satu anggota komisi, Christopher Clavius, secara terbuka memuji kejeniusan Lilius, terutama dalam rancangan siklus lunar yang begitu presisi.
Warisan Lilius melampaui zamannya. Pada 2010, tepat 500 tahun setelah kelahirannya, dunia mengenang sosok luar biasa ini melalui berbagai kegiatan peringatan di Italia, termasuk pembentukan kelompok astronomi untuk menghormati kontribusinya.
Aloysius Lilius mengajarkan kita bahwa, dengan dedikasi dan pemikiran visioner, satu individu mampu mengubah jalannya sejarah dan menyelaraskan perjalanan waktu bagi seluruh umat manusia.