Namun, konsep-konsepnya tidak selalu diterima dengan baik oleh masyarakat pada masa itu. Pandangannya yang menyatakan bahwa matahari bukanlah dewa, tetapi hanya benda yang dipengaruhi oleh hukum alam, menimbulkan kontroversi besar. Akibatnya, ia diadili atas dakwaan impiannya dan dipaksa meninggalkan Athena. Anaxagoras akhirnya meninggal di tempat pengasingannya di Lampsakos.
Meskipun hidupnya penuh dengan kontroversi dan kesulitan, warisannya terus berkembang setelah kematiannya. Pemikirannya mempengaruhi banyak filsuf yang datang setelahnya, termasuk Plato dan Aristoteles. Mereka mengadopsi dan mengembangkan beberapa konsepnya dalam pemikiran mereka sendiri.
Pemikiran Anaxagoras juga memberikan dasar bagi ilmu pengetahuan modern, terutama dalam bidang kosmologi dan fisika. Konsepnya tentang kekuatan pikiran dan materi telah membuka jalan bagi pemahaman kita tentang alam semesta dan keberadaan manusia di dalamnya.
Jadi, Anaxagoras adalah seorang pemikir yang berani dan visioner dalam dunia filosofi kuno. Meskipun dia menghadapi tantangan dan penolakan dari masyarakat pada zamannya, kontribusinya terhadap pemikiran manusia telah terbukti luar biasa. Melalui pandangannya yang unik tentang alam semesta dan keberadaan manusia, Anaxagoras telah meninggalkan jejak yang tak terhapuskan dalam sejarah pemikiran manusia.