Untuk pembayaran, pemerintah menggunakan mekanisme penerbitan Surat Perintah Membayar (SPM) yang diajukan oleh Pejabat Penandatangan SPM (PPSPM) ke Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN). Proses ini memastikan pembayaran langsung ke rekening penerima.
Pegawai Non-ASN yang bekerja di instansi pemerintah, termasuk Lembaga Nonstruktural dan Perguruan Tinggi Negeri Baru, juga berhak atas pembayaran ini. Besaran yang diterima disesuaikan dengan pangkat, masa kerja, dan peraturan yang berlaku.
Pemerintah juga menetapkan bahwa THR dan gaji ke-13 tidak dikenakan potongan iuran, tetapi tetap dikenakan pajak penghasilan yang ditanggung oleh negara. Hal ini dilakukan agar penerima mendapatkan manfaat penuh dari pembayaran yang diberikan.
Dalam hal terdapat kelebihan pembayaran akibat penerima memiliki lebih dari satu status yang berhak menerima, maka kelebihan tersebut wajib dikembalikan ke kas negara. Mekanisme pengembalian ini diatur dalam peraturan perundang-undangan.
Kementerian Keuangan melalui Direktorat Jenderal Perbendaharaan diberikan kewenangan untuk mengatur lebih lanjut teknis pelaksanaan pembayaran. Pengawasan internal juga dilakukan oleh kementerian dan lembaga terkait untuk memastikan transparansi.
Dengan berlakunya PMK ini, pemerintah berharap pencairan THR dan gaji ke-13 berjalan lancar dan tepat sasaran, sehingga dapat memberikan dampak positif bagi kesejahteraan aparatur negara serta penerima manfaat lainnya.