Di lingkungan keraton, ia menciptakan bahasa Bagongan untuk menyatukan para bangsawan dan pejabat kerajaan. Inovasi linguistik ini menjadi cikal bakal sistem tingkat bahasa yang berkembang di seluruh Jawa.
Dari sisi pemerintahan, Sultan Agung memperkenalkan sistem kadipaten dengan pengangkatan para adipati sebagai kepala wilayah. Kabupaten Karawang misalnya, dibentuk pada 1636 di bawah kepemimpinan Pangeran Kertabumi sebagai adipati pertama.
Sistem administrasi itu kemudian diadopsi oleh pemerintah kolonial Belanda dan dilestarikan dalam struktur pemerintahan Indonesia modern. Kabupaten tetap digunakan sebagai unit administratif hingga kini.
Warisan Sultan Agung juga meliputi ekspansi budaya seperti wayang, gamelan, dan tarian sakral, menjadikannya tokoh penting dalam penguatan identitas budaya Jawa. Meski dokumentasi Belanda terbatas, narasi lisan menyebutnya sebagai raja yang membentuk spiritualitas Jawa.
Sultan Agung memiliki tiga permaisuri: Ratu Kulon I dari Cirebon, Ratu Kulon II dari Batang, dan Ratu Kidul, serta beberapa istri selir. Ia memiliki 12 anak dari berbagai istri, termasuk penerus takhtanya, Amangkurat I.
Di akhir hayatnya, Sultan Agung dimakamkan di Astana Imogiri, tempat yang ia pilih sendiri sebagai simbol ikatan spiritual dengan tanah Jawa. Di sana tersimpan juga guci zamzam yang diberikan oleh syarif Mekkah, dikenal sebagai Enceh Kyai Mendung.
Pada 3 November 1975, pemerintah Indonesia menetapkan Sultan Agung sebagai Pahlawan Nasional berdasarkan Keputusan Presiden No. 106/TK/1975. Ia dikenang sebagai raja besar yang menyatukan kekuatan militer, kearifan budaya, dan spiritualitas bangsa.