Pada tahun 1912 atas saran H.O.S. Tjokroaminoto SDI Cabang Surakarta ini berganti nama menjadi Sarekat Islam (SI). Tujuan berdirinya organisasi ini antara lain: (1) mengembngkan jiwa dagang dan kesejahteraan masyarakat pribumi, (2) mengembangkan pendidikan dan pengajaran bagi pribumi, (3) memperbaiki citra Islam di kalangan masyarakat luas, (4) membantu kesulitan yang dialami anggota SI dalam sektor ekonomi, dan (5) mengembangkan esksitensi agama Islam di Indonesia.
Sejak berdiri tahun 1912, SI memiliki cabang di seluruh pulau Jawa. Pada hari Minggu, 23 Maret 1913, SI menyelenggarakan kongres ke-1 di kota Solo. Pada kongres tersebut, Samanhudi terpilih sebagai ketua SI dan H.O.S. Tjokroaminoto terpilih sebagai wakil ketua SI.
Namun, pada kepengurusan tahun berikutnya Samanhudi disingkirkan karena alasan kompetensi. Di kongres SI ke-2 di Yogyakarta pada hari Senin, 20 April 1914, forum kongres memilih H.O.S. Tjokroaminoto sebagai ketua SI, sedangkan Samanhudi ditetapkan sebagai ketua kehormatan, yang tidak memiliki kewenangan apapun di organisasi. Pasca kongres 1914, Samanhudi tidak memiliki pengaruh di SI dan kantor pusat SI dipindah oleh H.O.S. Tjokroaminoto ke kota Surabaya.
Pasca tersingkir di kepengurusan SI, Samanhudi tidak lagi aktif di SI, pergerakan politik, dan kembali menggeluti usaha dagang batik warisan keluarganya. Sejak tahun 1914 hingga 1944 nama Samanhudi hilang dalam peredaran pergerakan politik nasional.
Namun pada masa perang mempertahankan kemerdekaan Republik Indonesia tahun 1945-1949, Samanhudi muncul lagi memberikan kontribusi signifikan dalam peperangan mempertahankan kemerdekaan RI dari agresi Belanda. Pada waktu itu Samanhudi membentuk Barisan Pemberontak Indonesia, Gerakan Persatuan Pancasila, dan Gerakan Kesatuan Alap-alap di kota Solo.
Oleh karena daya juang dan jasa-jasanya pada negara, Samanhudi dianugerahi sebagai Pahlawan Kemerdekaan Nasional oleh Pemerintah Indonesia pada Kamis, 9 November 1961. Gelar pahlawan ini ditetapkan Pemerintah Indonesia berdasarkan pada Surat Keputusan Presiden RI Nomor 590 Tahun 1961.